PLUSモードをやりましたが、
どうやら原作と余り変化無く終わってしまいそうです。
ステラが生きてて、アスランがザフトのまま？なだけですね。
ザフトのままというと十分「IF」っぽいんですが、
大元は変わらないので、グフでメイリンと逃亡します。
「せめてメイリンは降ろさせろ！」
「彼女も同罪です！」
「あんたが裏切るからーっ」
など、熱い会話を繰り広げつつ撃墜すると
何故かアークエンジェルに回収される事は無く、
普通にザフトのままです。
メイリンも普通にオペレーターやってます。
だからと言って、改めてレジェンドを受領し
「キラ、やはりお前の行動は混乱を生むだけだ！」
「その機体･･･アスラン！？」
みたいな展開はしません。
どちらかと言うと
アスラン「すまない。昨日の事は、酔ってて覚えてないんだ。」
メイリン「･･･あたしもです。」
という感じ。
試しにオーブへ攻撃するクエなんかをアスランと一緒に挑んでみましたが
普通に攻撃してくれます。
カガリ相手でも、躊躇無く撃破してくれます。
という訳で、
Zガンダムのように完全「IF」ストーリーを期待すると拍子抜けすると思います。
メインストーリーと一つ一つのクエストは別物です。